杀菌锅运行一段时间后锅内特别是水杀菌设备可能会产生水垢（与水质使用频率有关）或生锈，严重影响杀菌效果，导致杀菌不完全，一般建议每三个月要清洗一次，如果水质硬度较高，使用频率每天超过8小时，则每月应该清洗一次。

水垢为钙镁离子为碱性物质，一般用酸进行清洗，请注意不要用盐酸，因氯离子会腐蚀不锈钢304、316等。以前一般采用硝酸但考虑安全与环保问题，现在锅炉行业都采用缓蚀性缓冲液除垢剂，为多种混合化学配制，对金属的腐蚀性较低，每个城市都能买到，价格也不贵，除垢的效果也不错，唯除垢时间比较长，不及酸性除垢那么快，但对金属的腐蚀性很低，所以建议用草酸。

杀菌锅的清洗方法：清洗采用受控状态。如锅体油污较多，其方法为：先用1~2%的烧碱（氢氧化钠溶液）75℃~80℃循环15~30分钟，再用清水循环5分钟；用1~3%草酸溶液在80℃~85℃循环40~60分钟，用水循环5分钟；洗涤液浓度与时间根据污染油污及水垢程度调节；对杀菌锅上容易结垢的另部件如全水式杀菌锅的汽水混合器、蒸汽及冷却水管道过滤芯或过滤网，因其结垢的可能性大，因此清洗后拆下再检查清理一次或要定期更换；如锅体油污较少，则直接用酸性洗涤剂。