水浴式杀菌锅运行一段时间后锅内特别是水杀菌设备可能会产生水垢(与水质使用频率有关)或生锈，严重影响杀菌效果，导致杀菌不完全，一般建议每三个月要清洗一次，如果水质硬度较高，使用频率每天超过8小时，则每月应该清洗一次。

水垢为钙镁离子为碱性物质，一般用酸进行清洗，请注意不要用盐酸，因氯离子会腐蚀不锈钢304、316等。以前一般采用硝酸但考虑安全与环保问题，现在锅炉行业都采用缓蚀性缓冲液除垢剂，为多种混合化学配制，对金属的腐蚀性较低，每个城市都能买到，价格也不贵，除垢的效果也不错，唯除垢时间比较长，不及酸性除垢那么快，但对金属的腐蚀性很低，所以建议用草酸。杀菌锅的清洗方法：清洗采用受控状态。如锅体油污较多，其方法为：先用1~2%的烧碱(氢氧化钠溶液)75℃~80℃循环15~30分钟，再用清水循环5分钟;用1~3%草酸溶液在80℃~85℃循环40~60分钟，用水循环5分钟;洗涤液浓度与时间根据污染油污及水垢程度调节;对杀菌锅上容易结垢的另部件如全水式杀菌锅的汽水混合器、蒸汽及冷却水管道过滤芯或过滤网，因其结垢的可能性大。因此清洗后拆下再检查清理一次或要定期更换；如锅体油污较少，则直接用酸性洗涤剂。